由于甲状舌管囊肿经常合并感染，并易于成瘘，且甲状舌管瘘可长年迁延不愈。故本病一经确诊，多主张尽快手术治疗。
1、Sistrunk手术
(1)手术时机
颈部甲状舌管囊肿无感染者，1岁以上手术比较安全，如有感染趋势者，应尽早手术;舌根部囊肿其发病率虽然只占本病的1％～2％，因影响呼吸道通畅或有吞咽困难，手术不受年龄限制，应尽早行Sistrunk手术。颈部感染者待炎症消退2～3个月后行Sistrunk手术。
(2)手术范围
切除范围包括囊肿、瘘管、舌骨中部以及舌盲孔周围部分组织。
(3)操作要点
除儿童用全麻外，成人可选局部麻醉。剥离囊肿时应注意其底部及后上极，切勿遗留管状物，应行带部分肌肉的整块切除。解剖到舌骨时，可将囊肿与舌骨粘连部显露清楚，用骨剪于囊肿附着之两侧剪断舌骨，剪除舌骨约1cm。此是手术成功的关键。剪断舌骨后，解剖到舌盲孔连同周围部分组织做柱状切除。术中勿暴力牵拉以免囊壁或瘘管及其分支断裂致部分残留。对甲状舌管瘘手术开始时，可自瘘管内注入1％亚甲蓝，以协助识别。瘘管行径较长时，酌情采用“阶梯式”平行切口。甲状舌管瘘或已有继发感染者，术后酌情应用抗生素。
(4)术后复发率
正确的Sistrunk手术后，复发率为3％～5％，多数在术后1年之内复发。再次手术难度明显增大。因此必须尽可能提高首次手术的成功率。
(5)常见复发原因
囊肿或瘘管继发感染后，行Sistrunk手术时，由于解剖结构不清楚，没有彻底切除甲状舌管，尤其是舌骨中段以上的管状组织块的残留易引起复发，故感染后手术者复发率比较高约为7％;舌骨前面两侧残留侧支腺体呼吸道上皮细胞细小囊肿或其侧支与舌内唾液腺相通。甲状舌管囊肿或瘘管偏离颈中线未完全切除，也可能同时有鳃裂囊肿组织并存。甲状舌管与甲状腺粘连，甚至深入甲状腺内以致甲状舌管组织未彻底切除。
2、颈淋巴结清扫术
若为恶性肿瘤，由于癌灶一般较小，采用Sistrunk术式即可达到治愈目的。伴有颈淋巴结转移时，则需行颈淋巴结清扫术。
3、甲状腺素抑制治疗
病理类型为乳头状癌或滤泡状癌者，术后应采用甲状腺素抑制治疗。
4、放射治疗
如为鳞状细胞癌，则术后可行放射治疗。
