全身性念珠菌病在治疗方面，主要是支持疗法和药物疗法。
一、支持疗法
首先应消除诱发因素，如长期大量应用广谱抗生素，皮质类固醇激素或免疫抑制剂的病人须考虑减少或停用免疫抑制剂、肾上腺皮质激素和抗生素，控制糖尿病和恶性肿瘤，调换静脉输液管等。当病人有免疫功能缺陷时，可应用免疫球蛋白来增强病人的免疫功能。
二、药物疗法
1、内用疗法
临床上可口服制霉菌素、克霉唑、咪康唑、酮康唑、两性霉素B及球红霉素等药物，具有良好效果。
2、外用疗法
皮肤粘膜念珠菌仅采用外用疗法即可奏效。临床应用可酌选龙胆紫、制霉菌素、两性霉素B、球红霉素及咪唑类药等作主药，配制成溶液、软膏、泥膏或乳剂以供使用。
