本病做实验室检查，皮损处的鳞屑、口腔粘膜部位的膜状物、痰液、尿液、血液、脑脊液、胸水、腹水及各种组织，真菌直接镜检可见大量假菌丝及孢子。真菌培养须连续3次阳性才具有诊断意义。
对深部念珠菌病患者可做免疫学检测和气相色谱法。
深部念珠菌病患者细胞免疫功能低下，白细胞移动抑制因子(LIF)缺乏，白细胞移动抑制指数(MI)>0.8。当疾病静止或好转时，LIF恢复正常，MI
对患者做气相色谱法，播散性念珠菌病(包括念珠菌败血症)患者，血清甘露糖浓度多大于800μg/ml；非播散性患者可在600～800μg/ml之间；正常人及非念珠菌感染患者则低于600μg/ml。此法特异性高，定量准确，而且标本用量少(每次只需0.2ml)。
