肛瘘主要侵犯肛管很少涉及直肠，故常称为肛瘘是与会阴区皮肤相通的肉芽肿性管道，内口多位于齿线附近，外口位于肛周皮肤处。整个瘘管壁由增厚的纤维组织组成，内复一层肉芽组织经久不愈。发病率仅次于痔，多见于男性青壮年可能与男性的性激素靶器官之一的皮脂腺分泌旺盛有关。 肛门周围及骶尾部也有许多瘘管，易被误认为肛瘘，应如何鉴别肛瘘呢： （1）会阴部尿道瘘这种瘘管是尿道球部与皮肤相同，常在泌尿生殖三角区内，排尿时尿由瘘口内流出。瘘外口位置多数与肛瘘相似，但其由瘘外口排出者为尿液。尿道瘘常有外伤史和尿道狭窄，且不与直肠相同，肛管和直肠内无内口。 （2）骶骨前瘘 由骶骨与直肠之间的脓肿在尾骨附近穿破形成，无通向肛门的瘘管。 （3）先天性瘘 由骶尾部囊肿化脓破裂形成，原发外口常在臀沟中点，为骨尖附近。瘘内可见毛发，有胚胎发生。 （4）骶尾部瘘 常由臀部损伤，如打击、脚踢和擦伤引起，在骶尾部形成脓肿，从而形成瘘管。 （5）肛门周围化脓性汗腺炎 该病外口较多，侵犯广泛，但无内口，与肛管无联系。 （6）结核性肛瘘内、外口较大，边缘不整齐，瘘管常无硬变。 （7）慢性结肠炎并发肛瘘。 （8）先天性直肠瘘 常开口于会阴或阴道，内口在肛管壁上，不在肛窦附近。 （9）其他如直肠尿道瘘、直肠膀胱瘘、直肠阴道瘘等，较易与肛瘘鉴别。
