子宫内膜异位症手术难于治愈，术后又易于复发，因此，药物治疗仍占据重要地位。药物治疗可分为术前用药或术后用药。术前用药可缩小病灶、缩小子宫、减轻盆腔粘连及充血、抑制卵巢生理性囊肿的生成，对腹腔镜手术应该有利。
目前内异症药物治疗多为术前及术后用药，术后用药可减灭残余病灶、推迟内异症复发。主要适合于异位病灶广泛、未能彻底切除者或肉眼所见异位病灶已被清除，但无生育要求的有疼痛症状者。国外发表的循证医学资料表明，对有疼痛症状的患者在腹腔镜保守性手术后再用药治疗以6个月为宜。对肉眼所见异位病灶已被清除，希望近期生育者可鼓励患者尽早怀孕。
治疗内异症常用而有效的药物有达那唑、孕三烯酮、促性腺激素释放激素类似物或激动剂 、孕激素类药物及口服避孕药物等。循证医学资料表明，上述药物治疗内异症的疗效相差不大，然而副作用各不相同，价格也有很大差异。因此，在选择用药时应与患者充分交流沟通，共同制定治疗方案。
