后尿道瓣膜症目前无特殊预防方法，积极防治泌尿系感染，积极防治并发症，积极治疗，以改善预后。预防措施可参考其他出生缺陷性疾病，应从孕前贯穿至产前，婚前体检主要包括血清学检查如乙肝病毒，梅毒螺旋体，艾滋病病毒，生殖系统检查如筛查宫颈炎症，普通体检如血压，心电图以及询问疾病家族史，个人既往病史等。
做好遗传病咨询工作，孕妇尽可能避免危害因素，包括远离烟雾，酒精，药物，辐射，农药，噪音，挥发性有害气体，有毒有害重金属等，在妊娠期产前保健的过程中需要进行系统的出生缺陷筛查，包括定期的超声检查，血清学筛查等，必要时还要进行染色体检查，一旦出现异常结果，需要明确是否要终止妊娠。
胎儿在宫内的安危，出生后是否存在后遗症，是否可治疗，预后如何等等。采取切实可行的诊治措施，后尿道瓣膜的胎儿首先表现为肾积水，其特点常为双侧肾与输尿管积水，膀胱壁增厚，羊水量减少，在胎儿中，羊水量减少是下尿路存在梗阻的重要信号，对后尿道瓣膜的胎儿进行宫内膀胱造瘘术以减压的问题，目前有很大的争议，其对母亲和胎儿的影响，所能达到的效果，以及并发症的发生情况，还都在观察之中。
