等孢球虫病并发症较为少见，但个别情况下可导致慢性腹泻、水电解质紊乱、持续性或脂肪性腹泻、体重减轻等，甚至可引起死亡。由于肠道粘膜损害，导致腹泻呕吐等等，均可导致水电解质紊乱发生，如果病情治疗不及时，或重症患者可导致脂肪性腹泻、营养不良、并发全身多器官衰竭等等，最终导致死亡。
