甲状舌管囊肿及瘘管患者囊肿增大时可有舌内发胀、咽部异物感、发音不清等症状。 甲状腺瘘管的形成可有有脓液持续经瘘管排出，如果进入呼吸道则可能诱发吸入性肺脓肿，造成咳嗽、咳痰、发热、胸痛、胸闷等表现。刺激咽部还可以引起呕吐反射。囊肿巨大的患者，可直接压迫气管和食管，造成呼吸困难以及吞咽困难等并发症。
