甲状舌囊肿及瘘管原因胚胎期甲状舌管退化不全、未完全闭锁萎缩、或甲状腺始基下降不全，则可发生以下三种畸形： 1、甲状舌管囊肿(没有瘘口)，多位于舌骨下方。 2、甲状舌管瘘管，分完全性和不完全性两种，前者两端都有瘘口，内孔位于舌盲孔，外瘘口位于颈前中线或略偏一侧，后者仅有内孔或外孔。 3、迷走甲状腺组织。可以在舌盲孔与甲状腺峡之间的任何部位。 舌骨晚发育于甲状腺舌管，由两侧腮弓在中线融合而成，未萎缩的甲状舌管既可在舌骨的后方，又可在舌骨的前方，或贯穿于舌骨中。
