甲状舌管囊肿及瘘管通过瘘口做碘油造影X线摄片，可显示瘘管走向，需与下列疾病相鉴别：
1、皮样囊肿
颈部皮样囊肿也是先天性疾病，是在胚胎期两侧第一、第二腮弓在中线融合时，中胚层组织残留而成。临床好发于儿童，常表现为颈前中线区囊性肿物，皮样囊肿与皮肤相连，压迫囊肿可有面团样感觉，并有压迫性凹陷，穿刺可以抽出皮脂样物质。不随吞咽上下移动。
2、甲状腺囊性肿瘤
甲状腺峡部的腺瘤或结节囊性变，易误诊为甲状舌管囊肿，但甲状腺峡部的肿物随吞咽活动时，活动度较大，可借助放射性核素131I检查鉴别。
3、颏下淋巴结炎
颏下淋巴炎与口腔炎症(如牙周炎、口腔溃疡等)或下颌、下唇等处的炎症有关，急性发作时，可有红肿热痛;慢性者，质地较硬，有压痛，不随吞咽上下移动。
4、异位甲状腺
多位于舌根部，少数位于喉前正中者易误诊为甲状舌管囊肿，放射性核素131I检查可鉴别。
