虽然结肠憩室的病因尚不清楚，但通常认为结肠运动功能紊乱引起的肠腔内高压状态和肠壁上的结构缺损与憩室的发生有关。根据结肠通过节段性收缩运动向远端推进肠内容的特点，收缩时常可产生相当大的肠腔内压，而高压的发生与紧依憩室远端的肠管运动过激或不协调蠕动有关。
暂时性的肠梗阻、便秘、肠痉挛、药物(服阿片时肠内压可高达12kPa)都可使肠内压增高，黏膜可以通过肠壁上的薄弱处疝出。在结肠，结肠带之间的肠壁靠环肌保持张力，因此血管进入肠壁处便构成了环肌上的缺损，成为所说的薄弱环节。所以，憩室突出的地点常在结肠系膜缘和系膜对侧缘结肠带之间，这也是憩室常见老年、肥胖、常年食精面粉等少渣食物致慢性便秘和结肠病患者的缘故。
