由于脑组织先天性发育异常所致的脑积水称为脑发育不全性脑积水。形成脑积水的原因可能是脑脊液的分泌和吸收之间失去平衡，即脑脊液产生过多或吸收障碍。此外，脑脊液循环通路阻塞也是引起先天性脑积水的重要原因。在中医上，脑积水病因有以下因素导致。
1、先天因素
在胎成之际，父母年暮，元精已虚；受胎之后，或因母体多孕多产，体质已虚，或母体久病气血衰弱，气血供养差致使胎儿先天禀赋不足，生后懦弱，因此胎禀肾气不充，精髓不能上充于脑，脏腑气血运行不畅，瘀阻经络，脑水受阻，而本病形成。
2、后天因素
(1)外感时邪：外感六淫之邪，疫疠之气犯脑，郁阻经络，久而不解致气血运行不畅，水湿停聚而发为本病。
(2)脾虚失运：脾为后天之本，生化之源。因乳食不节，喂养不当，阳光不足，气血失运；或其他疾病损伤脾气，脾失健运，水谷精微运化失常，水湿内停，清阳不升，浊阴不降，阻滞脑脏而发病。
(3)阳虚水泛：头为诸阳之会，清空之窍，肾阳虚弱，不能温化寒水之气，反致其循督脉上达于巅顶，导致脉络阻滞，血行不畅，则水液蕴结于脑。
(4)痰瘀阻络：阳气不足，失于温运气化，内停水湿，久而为痰，为饮;阳虚经脉失于温煦，气血运行不畅，淤血内生，以致痰瘀互阻，痹阻清窍脉络，清阳不升，浊邪不降而发为本病
