乳头肌心功能不全主要应鉴别心前区的收缩期新音的不同疾病，以及引起二尖瓣关闭不全的不同疾病，如心前区的收缩期新音不一定是二尖瓣关闭不全，如先天性房室间隔缺损，肥厚性心肌病，直综合征等。此外，引起二尖瓣关闭不全的疾病也很多。直接造成瓣膜损害的如风湿性二尖瓣关闭不全、二尖瓣脱垂、老年性二尖瓣钙化，间接造成二尖瓣关闭不全者有任何原因引起的左心室扩大、乳头肌腱索断裂等。
