寄生虫性尿路感染包括多种病原体感染，常见的病原体感染的治疗如下：
1、滴虫性尿路感染治疗
甲硝唑，10天为1个疗程，间隔1个月可重复1个疗程。由于滴虫侵犯尿路常先有细菌性尿路感染存在，故亦可合用抗生素(如土霉素、四环素等)或与抗生素交替使用。男性滴虫性尿路感染，多由性生活引起，夫妻应同时进行治疗，治疗期间禁止房事。
2、尿路丝虫病治疗
目前多采用乙胺嗪(海群生)和卡巴胂治疗。久治不愈的乳糜尿病人，经膀胱镜、逆行尿路造影，确定乳糜进入尿路的部位后，可考虑手术治疗。
3、尿路阿米巴病的治疗
肠外阿米巴病首选甲硝唑(灭滴灵)。阿米巴肾脓肿，疗程不宜过短以免复发。其次，可选用依米丁(盐酸吐根碱)，深部肌内注射。双碘喹啉、四环素等均可酌情使用。肾阿米巴脓肿或肾周脓肿，必要时应切开引流。
4、肾棘球蚴病的治疗
惟一的方法是外科手术切除囊肿。若有过敏反应，应积极控制。
