急性粒细胞缺乏患者应从病史中尽可能找出引起粒细胞缺乏的药物，并立即停止接触。患者应进入层流室进行隔离，层流室的一切物品必须完全消毒。患者要进无菌饮食，医务人员进入层流室必须作好消毒准备。层流室每天要用紫外线及消毒液灭菌。
患者如已发热，常提示感染已经发生，65％～70％为细菌感染，应作血、尿、痰等需氧及厌氧细菌培养及药敏试验。在病因菌未找出之前，应选用能覆盖革兰阳性和阴性菌包括铜绿假单胞菌的抗生素，如第3代头孢菌素与氨基糖苷类(丁胺卡那或妥布霉素)合用。如无效可单用亚胺培南，也可与氨基糖苷类合用，两者有协同作用。
患者如有金黄色葡萄球菌感染，可用万古霉素。其他广谱抗菌药物如喹诺酮类(氧氟沙星或环丙沙星)也可试用。抗生素的剂量宜大，使其血液浓度达到杀菌水平，这对粒细胞缺乏的患者尤为重要。经试用抗生素治疗3～4天后如病原菌已找到，则根据药敏试验选用抗生素；如未找到，而患者仍未退热，应重复细菌培养及真菌培养，必须更换抗生素及考虑输注粒细胞(如粒细胞未上升)。如仍无效，须检查患者有无脏器及组织脓肿形成、药物热、病毒感染(肝炎、巨细胞病毒)、寄生虫感染(疟疾、卡氏肺囊虫)等。
在排除上述情况后，要考虑隐性真菌感染(念珠菌、曲霉菌等)可能，可经验性的试用两性霉素B或与氟康唑合用。两性霉素B抗真菌谱广，对念珠菌和曲霉菌均有效，但多有发热反应。
