急性粒细胞缺乏起病急骤，患者有畏寒或寒战、高热、头痛，常伴口腔黏膜、牙龈、舌以及咽部发生坏死性溃疡，覆以灰色或绿黑色假膜。直肠、肛门、阴道、子宫等黏膜也发生同样溃疡。颌下、颈部淋巴结往往肿大。少数病例有黄疸及肝、脾大。病情进展可引起肺部或其他部位感染，直至败血症。与其他粒细胞缺乏一样，感染病灶的炎症浸润可不明显，脓液很少形成。
