久疟可导致的并发症有肺水肿、肝肾衰竭、贫血、甚至昏迷，并波及肾、肝、脑。后期如不经过治疗有可能发生更严重的并发症，如脑型疟疾、黑热尿，甚至导致死亡。孕妇面临着死于严重疟疾并发症的极高风险。疟疾还是导致自然流产、早产、死产和孕产妇严重贫血的病因，并导致约三分之一的可预防的体重儿出生。
