巨幼细胞贫血可引起多种并发症，严重的可致死。常见的并发症如下：
1、心力衰竭
严重的贫血可使心肌缺氧而发生心力衰竭，为恶性贫血患者死亡的主要原因之一。另一方面，心肌能量来源的激活需要借助维生素B12的作用，如果维生素B12缺乏，则能影响ATP的激活，而加重心肌的障碍，促使心力衰竭的发生。因此，对严重的巨幼细胞贫血患者在治疗开始时，应注意有无心血管疾病，以便采取必要的措施，防止意外事故的发生。
2、脑出血
血小板减少及其他凝血因子的缺乏，本病出血也不少见。以前脑出血也是恶性贫血死亡的原因之一。有时可发生眼底出血。
3、痛风
严重的巨幼细胞贫血可见骨髓内无效造血引起的血细胞破坏亢进，致使血清内尿酸增高，引起痛风的发作，但极为罕见。
4、溶血危象
部分病人可在发病过程中出现溶血(可能与巨大红细胞变形运动障碍有关)，加重贫血。
