集聚肠杆菌感染者，对于输液引起的败血症首先要去除感染源，其次要尽早应用有效的抗菌药物。由于不同菌株之间对各种抗菌药物的敏感性差异较大，抗菌药物的选用应尽量根据药物敏感性试验的结果。一般来说，氟喹诺酮β-内酰胺类、氨基糖苷类药物对该菌仍有较好的抗菌活性对于轻或中度感染，可选用哌拉西林、头孢他啶、环丙沙星、阿米卡星等药物。对于重度感染或败血症，应选用头孢他啶、头孢哌酮、亚胺培南、β-内酰胺类+β-内酰胺酶抑制剂联合环丙沙星或氨基糖苷类药物。
