高原红细胞增多症患者易并发血栓、出血、局部组织坏死及高原心脏病。高原红细胞增多症由于红细胞代偿性增加，导致血液粘稠度增高，动脉血氧分压、血氧饱和度、血氧含量下降，动脉血二氧化碳分压升高，早期出现的并发症则以四肢末端小血栓形成为主。晚期由于大量促凝血因子被激活，继发性纤溶亢进，并发症则以血栓、DIC为主。
此外由于红细胞堆积，红细胞变形能力下降，引起血液流变学、血流动力学，以及血容量的变化，出现“浓、黏、聚”的特点，使血液黏稠，血流速度缓慢，导致慢性缺氧引起的右心功能受损，肺动脉高压等，从而导致高原心脏病。
