肝上皮样血管内皮细胞瘤一般位于肝叶内部，因为肝脏周围解剖关系复杂，肝脏组织及血管瘤血运丰富，在外科手术后常会出现并发症，常见并发症包括感染、腹腔内出血、术后胆漏，危重症患者可能在术后肝脏功能衰竭，危及生命。
感染是腹腔手术常见的并发症，一般是由于手术中无菌操作不严格，患者皮肤、腹腔或肝胆管系统存在感染灶，在手术中病原菌污染创口、腹腔，甚至腹腔内器官造成感染，严重者可能导致全身急性炎症反应，感染性休克。
术后腹腔内出血也是肝上皮样血管内皮细胞瘤术后常见的并发症之一，一般发生在术后一天之内，多数是因为术中止血不彻底，或血管扎线脱落而导致的，由于肝脏组织血运丰富，肝血管瘤内部结构复杂，如果不能很好的结扎止血，很可能导致局部渗血或严重出血。由于血液是人体自身的组织，腹腔内少量渗血不会引起明显的症状，大量出血会引起患者出现低血压休克，需要格外重视，发现有活动性出现，应积极行剖腹探查，找出出血部位。
