导致女性不孕的原因很多，近年来有有研究者发现女性支原体感染者不孕率明显高于未感染者，经过研究发生主要原因如下。
支原体感染可伴有较高的抗精子抗体和抗子宫内膜抗体检出率，因此早期对支原体感染进行诊断和治疗具有重要意义。对支原体阳性及支原体阴性的不孕症患者宫颈黏液炎性因子水平进行分析，提示支原体感染的程度及支原体感染所致抗体的产生有着积极的意义。
支原体可通过与人体靶细胞膜受体结合，进而对靶细胞产生攻击作用，生理屏障的破坏、免疫系统网络的紊乱，可导致育龄期女性免疫系统受损进而对子宫内膜造成损伤，机体将子宫内膜组织作为抗原进行免疫诱导，可促使体内产生抗精子抗体和抗子宫内膜抗体，进而可激活体内补体系统，对子宫内膜腺体产生直接影响，最终产生胚胎着床后发育不良。
位于女性生殖道的支原体可刺激生殖道产生的局部炎症反应，并导致炎性细胞趋化、浸润，参与该炎症反应的炎性细胞主要是巨噬细胞，在完成对支原体吞噬的同时，也可以作为抗原递呈细胞激活黏膜T淋巴细胞，促进TNF-α、IFN-γ、IL-6的产生。而炎性因子的产生，又可促进机体免疫反应的发生，对抗精子抗体和抗子宫内膜抗体水平的升高产生协同作用，最终导致不孕的发生。
