本病患者阴道分泌物中加特纳菌、厌氧菌如类杆菌、胨链球菌、Mobiluncus菌及人型支原体等增多，比正常增加100～1 000倍。由于厌氧菌的过度生长，抑制了正常能产生过氧化氢的乳酸杆菌，能杀灭细菌的过氧化氢减少后，厌氧菌更能增加，形成了恶性循环。乳酸杆菌减少，其所产生的乳酸也减少，影响阴道pH值的降低。厌氧菌可产生大量胺类(如尸胺、腐胺)和其它盐类(如琥珀酸盐)，造成阴道分泌物化学成分的改变，可发生特殊气味和pH值升高。目前对于阴道中微生物改变的原因仍未十分了解，虽然本病与多性伴有关，但是否由性传播所致仍不清楚，所以有人将本病归类为内源性疾病。
