感染性胃肠炎可因感染病毒、细菌、寄生虫引起。毒物及药物可引起化学性胃肠炎。病毒感染是胃肠炎最常见的病因，有多种病毒可引起胃肠炎，最常见的是轮状病毒，其次是诺沃克病毒、星状病毒和肠腺病毒。 常见感染途径有：食物（尤其是海鲜），污染的水源，接触被感染者，餐具不洁，进食前未洗手等。
