衣原体肺炎应与其他病原体引起的肺炎鉴别。如呼吸道合胞病毒、巨细胞病毒、腺病毒和流感病毒等，导致的非发热性肺炎;链球菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希杆菌、克雷白杆菌、流感杆菌、肺炎球菌和脑膜炎球菌等导致的肺炎、结核等。
