睾丸囊肿的发病原因目前还没有明确，可能与性欲刺激、睾丸睾丸的慢性感染或输送精子的管道部分梗阻有关。但临床实践证明，输精管结扎后患者并不出现清液囊肿，它的出现还可能与局部损伤或性传播疾病感染有关。还有的人提出睾丸头部的睾丸管屈曲、转向或形成憩室，随着时间的推移和精子的不断堆积，憩室小管不断增大，于是形成精液囊肿。当睾丸因炎症或创伤而阻塞或形成瘢痕时，也能发生精液囊肿。
我们应先了解睾丸、睾丸和输精管的解剖。睾丸产生的精子，通过曲细精管进入睾丸头部的网状管道，逐步向前进行，输精管而后由尿道排出。关于睾丸囊肿的原因可能由于局部炎症粘连使睾丸管阻塞，或者其中微小单一的睾丸输精管阻塞后管腔液潴留，形成囊肿。
睾丸囊肿由小变大，但在临床上多可增长到0.5~2cm直径大小的囊肿，该病与睾丸在临床上不易区别，可出现局部结节，痛或无痛，因此与炎症不易区别。但是在有经验的医生用扪诊即可确定，扪之虽然硬，但实则有波动。依靠扪诊即可确定大部囊肿，且尚可进一步检查。如果用B超即可确定，炎症为实质性肿块，囊肿有“液体”B超改变。
