虹膜缺损多与早期胚眼的发育过程中胚裂闭合不全有关。预防遗传的先天虹膜缺损可以做基因检查，羊水穿刺检查胎儿有没有携带致病基因，如果有就要决定是否终止妊娠。眼部手术也可造成虹膜缺损，预防措施包括积极治疗各种眼病，避免进展到需要手术的情形，眼部手术可尽量选择微创或激光手术。
