病毒性上呼吸道感染若不及时治疗，可能合并细菌性感染，炎症可波及其他器官发生相应症状，全身症状亦会加重。常见的并发症可有鼻窦炎、中耳炎、眼结合膜炎、颈淋巴结炎及咽后（或侧）壁脓肿。其具备并发症状如下所述。
1、中耳炎：常见高烧不退（超过三天以上）、耳朵痛、幼儿烦躁、搔抓耳朵。并发急性中耳炎者，多高热不退，因耳痛哭闹不安、摇头、抓耳，早期鼓膜充血、膨隆，以后穿孔流出浆液或脓液，治疗不及时可影响听力。
2、鼻窦炎：流鼻涕超过十天没有改善迹象，且黄绿色的浓稠鼻涕伴随咳嗽、严重鼻塞、头痛。
3、肺炎：高烧不退且咳嗽加剧、呼吸急促、食欲减退。上呼吸道感染易向下发展，引起支气管炎及肺炎。
4、脑膜炎：颈部僵硬、剧烈头痛、呕吐、怕光、持续高烧，甚至意识不清。
5、咽壁脓肿：咽壁脓肿时可出现拒食、吞咽困难、言语不清、头向后仰、张口呼吸等症状，检查可见咽部充血、肿胀，咽壁呈半圆形突起，将软腭及同侧咽腭弓向前推移，年幼及体弱患儿。
6、肠系膜淋巴结炎：并发肠系膜淋巴结炎时，有脐周阵发性腹痛，无固定压痛点及肌紧张。
少数并有细菌感染时对体弱儿尚可引起全身及其他部位的并发症，如败血症、脑膜炎，以及肾炎。
