膀胱软斑症属于炎症性病变，需要长期应用抗生素治疗能改善症状，但易于复发。有的学者曾提出应用多种抗菌药物治疗可以使尿液中的细菌消失，但不能阻止病程的进展，因为一般抗生素对软斑症患者只能消灭细胞外间隙的细菌，却不能杀灭进入细胞内的细菌。实践证明有的抗菌药物如利福平和磺胺异噁唑能进入吞噬细胞帮助杀死细胞内细菌。
近年来喹诺酮类药以其独有的组织渗透性越来越受到重视。喹诺酮类药物在巨噬细胞内的高浓度对清除细胞内病原菌非常有利。多项研究表明，以环丙沙星500mg2次/d口服，单纯治疗软斑症效果良好，有效率达90％。
研究发现膀胱软斑症采用依诺沙星600mg1次/d，口服治疗8周后，病理性损害完全消失。对于膀胱软斑症除了长期应用抗菌药物治疗外，还可以经尿道将膀胱内病变进行电灼治疗，对病变愈合有利，由于本症容易复发，需定期随诊作膀胱镜检查。
