血吸虫肠病急性期以杀虫、解蛊毒为主，辅以解表清里，滋养气阴为基本治则。力求灭虫彻底，以达到根治目的。慢性及晚期治疗较为复杂。大抵有兼证者，先治兼症，后治主症。过程中不忘杀虫、解蛊毒以图其根本。此期的治疗步骤可概括为：消积水——攻痞块——扶正气——除虫毒。
一、急性期
1、表里受邪
治法：杀虫、解蛊毒，和解表里。
方药一：南瓜子仁去油粉剂，成人每次服80g，一日3次，连服30天。本药副反应轻微，常有轻度的腹泻、腹胀、食欲减退和头晕，少数人有恶心呕吐。其副反应一般均在继续服药10天后减少或消失。
方药二：复方槟榔丸，成人每次10g，一日2次，饭前温开水吞服，20天为一疗程，总量400g，儿童酌减。
方药三：鸦胆子去壳取仁，每粒重0．4g，成人每次10粒装胶囊吞服，一日三次，连服40天为一疗程。如上述药物杀虫无效，可采用有关的西药治疗。
2、气阴两虚
治法：益气滋阴，清热生津。
方药：如阳明邪热伤及肺胃气液，常用竹叶石膏汤加减。热势偏高者，重加石膏、知母；津液偏亏，口渴，唇焦，舌干者，加生地、花粉、玉竹、石斛；大便秘结，时时谵语，腑热成实者，加大黄、芒硝泄热存阴；余热未尽，心肾阴伤，口干咽燥，烦不得眠者，用黄连、阿胶加生地、麦冬。长期发热，身倦少气，面苍形瘦，手足欠温，舌淡白而润，脉弱者，是阳虚气弱，阴火上乘，用补中益气汤加青蒿、鳖甲甘温除热。
二、慢性及晚期
1、实证
治法：以攻为主。包括活血化瘀、破气通络、软坚散结等具体治则。
方药：大黄蛰虫丸与瓦楞子丸为攻坚猛剂，适用于体气较强，痞块较大而坚者，二方可交替使用。一般用法是，大黄蛰虫丸一次4．5～6g，一日三次，服10天，改用瓦楞子丸，一次9～15g，服10天，均空腹温开水下。儿童酌减量。
2、虚证
治法：以补益为主。补虚是手段，攻积才是目的。痞块补虚，除针对其虚之重点外，要始终注意养肝和肝。
方药：脾虚者，不思饮食，食不消化，肌肉瘦削，或便溏，用参苓白术散或香砂六君子汤，健运脾胃，促进运化。养肝血、滋肝阴，常用当归、芍药、地黄、首乌、五味、山萸肉、枸杞子、女贞、旱莲等；调肝利气，常用柴胡、茵陈、郁金、香附、青皮、乌药等，酌情选择，配合主方治疗。
