周期性内斜视发病原因至今不明，主要有以下几种看法。
1、大脑优势学说
周期性内斜视可能与大脑优势的变更有关。表现为患者不特别选用某只手。这些现象可能表明大脑半球一侧的活动并非始终对另一侧保持优势,此种学说未被多数学者证明。
2、融合机制失调学说
认为周期性内斜视大多数患儿都有不同程度的远视，由于远视经常需要调节从而相应地增加了辐辏作用，使眼球易向内偏斜所以在出现显性斜视之前可能就有较大的内隐斜。由于外融合力加以控制，使眼位不发生偏斜。后因某种原因，如精神或心理因素、外界环境及内在疾病等因素破坏了眼位的平衡，使外融合力对内隐斜的控制失调而出现隔日性间歇性或者恒定性内斜视。
3、生物钟机制学说
不少学者认为周期性内斜视与机体正常“生物钟”现象障碍有关。
