重叠综合征的治疗包括有激素治疗、手术矫形、免疫抑制治疗及对症处理，其具体治疗方法及预后情况如下所述。
1、治疗
由于重叠综合征的本质尚不清楚，其治疗方法也有待研究。以系统性红斑狼疮（SLE）、类风湿关节炎（RA）或原发性干燥综合症（PSS）为中心病的重叠综合征，其免疫异常显著，临床症状明显，常呈现坏死性血管炎的病理特点。一般均采用大剂量激素治疗，也有合并应用免疫抑制剂者。对于RA相关重叠综合征出现严重的关节畸形，可行适当的手术矫形，以助病变关节恢复功能。此外，还要强调对症治疗，如用洋地黄（毛地黄）纠正心力衰竭等。对与胶原病近缘性疾病重叠的患者，则应遵循相重叠的两个原发病的治疗原则，既针对疾病本质进行免疫抑制治疗，也应注意对病变器官的对症处理。对各型重叠综合征病人进行生活指导，如防止受寒，避免感染和疲劳等，均很重要。
2、预后
重叠综合征的预后均决定于其类型。Ⅰ型重叠综合征5年生存率30％，较单一系统性红斑狼疮5年生存率（大于70％）明显减低。其死亡原因主要为心血管并发症及中枢神经系统损害，死于肾衰者较少。Ⅲ型重叠综合征的预后决定于以哪一种结缔组织病为主。Ⅱ型综合征以混合性结缔组织病（MCTD）为代表，预后较好。
