真菌过敏症在临床上皮肤和呼吸道为主要反应器官。皮肤表现有过敏性皮炎、湿疹、遗传过敏性皮炎、荨麻疹、痒疹、瘙痒症、癣菌疹（可呈汗疱疹样、湿疹样、丹毒样、多形红斑样、脂溢性皮炎样、银屑病样、玫瑰糠疹样、以至红皮病样等表现，而以汗疱疹最为常见）等。呼吸道表现有哮喘、过敏性鼻炎、农民肺等。此外尚有胃肠道、神经系统（如周期性偏头痛）的过敏反应等。
