厌氧菌感染可发生于任何部位和脏器，但以胸腔，腹腔和盆腔感染为多见，占这些部位感染的70%～90%以上，但1/3～2/3为混合感染。
1.中枢神经系统感染
局灶性化脓性感染，如脑脓肿和硬膜下积脓常和厌氧菌感染有关，相反，由厌氧菌引起的硬膜外积脓和脑膜炎却很少见。
2.败血症和心内膜炎
3.呼吸系统感染
常见的有上呼吸道感染和胸腔内感染，并可引发肺炎、肺脓肿、坏死性肺炎等疾病。
4.腹腔内感染
正常肠道内含有大量厌氧菌，腹腔内感染常与肠道菌丛污染有关，因此具有厌氧菌分离率高，常为多种细菌的混合感染等特征。并可引发肝脓肿，胆道感染，阑尾炎，肠道感染等。
5.女性生殖道和盆腔感染
几乎所有非性传播造成的女性生殖道感染均包括了厌氧菌感染，常见的致病菌包括消化链球菌，普氏菌（尤为二路普氏菌和解糖胨普氏菌），波费杆菌，梭菌（包括产气荚膜梭菌）。
6.尿路感染
厌氧菌引起的尿路感染包括尿道炎，尿道周围炎，尿道周围蜂窝织炎和脓肿（可伴坏死或形成多发性瘘），尿道球腺炎（包括坏死性和气肿性），前列腺炎（偶尔呈坏死性并积脓），迁徙性肾脏感染（有败血症时常伴积脓），肾周脓肿，肾盂积脓，腹膜后积脓，肾切除伤口感染，肾移植感染，化脓性血栓性肾静脉炎，膀胱坏疽，会阴脓肿或坏疽，尿路各部位气性坏疽，睾丸脓肿等。
7.骨和关节感染
厌氧菌性骨髓炎较为少见，厌氧菌性骨髓炎分为放线菌性与非放线菌性两种，放线菌性骨髓炎主要见于颌骨和脊椎骨，其次尚有肋骨，头颅骨，长骨，短骨等，可同时伴有其他厌氧菌和需氧菌的混合感染，大多由附近感染（如牙周感染，鼻窦炎，创伤或恶性肿瘤的感染）直接播散所致，感染过程常呈亚急性或慢性，在颏部或颈部有典型硬块，并有经常流脓并排出“硫黄颗粒”的窦道，多累及较大关节，依次为膝，髋，肘，胸锁，肩，骶髂等。
8.皮肤和软组织感染
常有腐臭分泌物，产气，广泛组织坏死，并有延伸至皮下组织和筋膜面形成窦道的倾向，多数由需氧菌和厌氧菌协同引起，某些厌氧菌可引起下列特殊的临床综合征。①进行性细菌协同感染性坏疽；②协同性坏死性蜂窝织炎；③慢性窦穴状溃疡；④坏死性筋膜炎；⑤厌氧链球菌性肌炎；⑥梭菌性肌坏死（气性坏疽）；⑦口腔，面颊部感染。
