亚急性联合变性的治疗包括有药物治疗和康复治疗，其具体治疗方法及预后情况如下所述。
一、亚急性联合变性的治疗
纠正或治疗导致维生素B12缺乏的原发病因和疾病，如纠正营养不良，改善膳食结构，给予含维生素B族的食物，如粗食、蔬菜和动物肝脏，并应戒酒；治疗肠炎、胃炎等导致吸收障碍的疾病。
1、药物治疗
（1）一经确诊或拟诊本病，应立即给予大剂量维生素B12予以治疗，否则会发生不可逆性神经损伤，总疗程6个月。维生素B12吸收障碍者需终生用药，合用维生素B1和维生素B6等效果更佳；无须加大维生素B12剂量，因并不能加快神经恢复。
（2）贫血患者用铁剂，如硫酸亚铁或10％枸橼酸铁胺溶液，有恶性贫血者，建议叶酸与维生素B12共同使用。不宜单独应用叶酸，否则会导致精神症状加重。
（3）胃液中缺乏游离胃酸的萎缩性胃炎患者，可服用胃蛋白酶合剂或饭前服稀盐酸合剂。减少因胃酸缺乏引起消化道症状，控制腹泻可选用适当抗生素及思密达等。
2、康复治疗
加强瘫痪肢体的功能锻炼，辅以针灸、理疗及康复疗法，促进肢体功能恢复。
二、亚急性联合变性的预后
早期诊断并及时治疗是改善本病预后的关键，如能在起病3个月内积极治疗，多数可完全恢复；若充分治疗6个月至1年仍有神经功能障碍，则难以恢复。不经治疗神经系统症状会持续加重，甚至可能死亡。
