该病的治疗原则应为首先针对疾病病因采取有效的手段进行治疗，之后再纠正营养缺乏和使用必要的代谢疗法。具体疗法如下：
一、病因治疗：
1、停用不耐受的饮食：如乳糖吸收不良者停止进食含乳糖的食物。
2、补充缺乏的消化酶： 如乳糖吸收不良者用乳糖酶，胰腺功能不全者用胰酶。
3、抗菌：细菌感染所致的慢性肠炎可酌情使用抗生素，另可适当使用微生态制剂。
二、对症治疗：
1、补充必须的维生素、无机盐和微量元素。
2、及时纠正水、电解质和酸碱平衡紊乱：
(1)先天性葡萄糖、半乳糖吸收不良：
可给不含糖的豆奶，另加5％左右果糖喂养，2～3岁后病儿吸收功能常有所恢复，可耐受小量淀粉及乳糖，但含淀粉及乳糖的食物可加至什么程度，需医生与家属共同做出努力，反复试验。
(2)蔗糖-异麦芽糖吸收不良：
自幼即需限食蔗糖即可不引起症状，如奶制品中不加蔗糖，可用葡萄糖代替，也忌服含糖浆的药物。随着儿童成长可渐放松对蔗糖的严格限制，但需反复试验。一般无需限制淀粉，因淀粉中含1，6糖苷键的支链寡糖的成分很少。
(3)先天性乳糖酶缺乏病儿：
禁食乳糖，包括各种乳类及含乳的食品。婴儿可用不含乳糖的奶粉、豆奶粉或代乳粉喂养，也可购买豆浆100ml+葡萄糖5～10g按牛奶需要量计算喂养。
糖吸收不良所引起的脱水、电解质紊乱应首先由静脉予以纠正。
三、营养治疗：
原则上应用高热量、高蛋白、低脂肪食物。少量多餐，逐步递增，循序渐进。目前有不含乳糖的奶粉及水解蛋白要素饮食。
重症者往往厌食、消化吸收功能差，进食的食物和药物常完整地从粪便中排出。此时可先用肠道外营养，症状好转后可改为要素饮食口服，即应用易消化或已半消化的食物。
如脂肪用中链三酰甘油，糖用麦芽糖糊精或葡萄糖制成，蛋白用水解蛋白或氨基酸制成。
