衣原体尿路感染未经治疗或治疗不彻底，男性患者可并发急性附睾炎，亦可并发前列腺炎及尿道狭窄，男性同性恋患者可发生直肠炎或咽炎。女性患者可并发急性输卵管炎、子宫内膜炎及盆腔炎，导致不育症和宫外孕。病菌又可以由孕妇传染给胎儿，令胎儿的眼睛或肺部受到感染。
