小儿埃可及柯萨奇病毒感染在确诊时，除依靠其临床表现外，还需借助化学检查。主要的检查方法有以下几种：
1、血常规检查
白细胞多在正常范围，分类亦无明显变化。
2、脑脊液检查
脑膜炎、脑炎患者的脑脊液可呈非化脓性炎症改变，压力轻度增高，白细胞数轻度增多。
3、病毒分离
用组织培养和动物接种分离病毒，如能从病人血液、脑脊液、心包液、疱疹液及组织中分离到病毒则可作为确诊依据。
4、血清学检查
特异性高的抗体为中和抗体，病后2周开始升高，3周时达高峰，可维持3～6年，故不能用于早期诊断。国内有人用亲和素-生物素复合酶-间接免疫组化法(ABC-IPA)可检测患者血清及脑脊液中的柯萨奇B组病毒IgM抗体，有早期诊断价值。
