任何致病菌均可引起小儿尿路感染，但绝大多数为革兰阴性杆菌，如大肠杆菌、副大肠杆菌、变形杆菌、克雷伯杆菌、绿脓杆菌、少数为肠球菌和葡萄球菌。大肠杆菌是小儿尿路感染中最常见的致病菌，约占60％—80％。初次患小儿尿路感染的新生儿，所有年龄的女孩和1岁以下的男孩，主要的致病菌仍是大肠杆菌，而在1岁以上男孩主要致病菌多是变形杆菌。对于10—16岁的女孩，白色葡萄球菌亦常见，克雷伯杆菌和肠球菌多见于新生儿尿路感染。
