鼻咽囊肿的来源不同，但其症状基本相同。主要有鼻腔后部脓性分泌物向下流入口咽部。患者自觉呼吸时有臭味，用力吸咳时可咳出脓液或脓痂。 有时在鼻咽部感到压迫、胀满和疼痛。头痛位于枕后粗隆下方，与蝶窦炎引起的头痛相似。伴有颈后肌肉酸痛僵直，转头时则加重，一旦囊肿破裂，头痛则迅即消失。 炎症或脓性分泌物堵塞咽鼓管咽口，可出现耳闷、耳鸣、耳聋。囊肿较大堵塞后鼻孔者，可发生鼻阻塞，睡眠时有鼾声。有时感染可发生颈部淋巴结肿大、颈淋巴结炎，少数伴有低热。
