对于轻型病例可不用抗菌药物，但是如果情况并不是十分轻则可以采用抗菌治疗，通过调整肠道正常菌群而自愈。对重症婴儿及有败血症者，仍需抗菌治疗。据临床观察，以口服多黏菌素B及多黏菌素E效果较好，但药源较困难。临床上常首选诺氟沙星、司氟沙星（司帕沙星）或小檗碱，另加甲氧苄苄啶（TMP），亦可口服庆大霉霉素或肌注妥布霉素。疗程均为5天。同时在抗菌治疗的同时，还需要常规护理，例如保持肛周皮肤清洁干燥，防止臀红及肛周脓肿。臀红用红外线局部烤干，肛周涂松花粉、鞣酸软膏等。最后说下可在寻常药店买到的的一些相关西药治疗药品，山莨菪碱、胃蛋白酶、胰酶、鞣酸蛋白、肥儿散、人血白蛋白、黏菌素、多黏菌素B、诺氟沙星、司氟沙星、小檗碱、氧、甲氧苄啶、庆大霉素、妥布霉素、鞣酸软膏。
