沙眼衣原体多数情况下感染眼、鼻咽部、子宫颈、尿道及直肠黏膜等部位，沙眼衣原体在孕妇可累及子宫颈的柱状上皮细胞，很少累及阴道鳞状上皮细胞，还可逆行感染子宫内膜，损伤胚胎，可造成死产、早产、胎膜早破等，新生儿在通过感染衣原体的母亲产道时，可感染衣原体引起结膜炎和肺炎。
1、结膜炎
受染母亲所生新生儿，约30％～50％会发结膜炎，10％～20％会发生肺炎，结膜炎多在生后5～14天发病，常单侧发病，多有自限性，先有卡他性结膜炎症状，后出现黏液脓性分泌物，眼睑及结膜肿胀、充血，眼睑结合膜滤泡形成在新生儿较少见。
2、鼻咽部感染
受衣原体感染的新生儿约50％合并有鼻咽部感染。
3、肺炎
多发生在生后1～3个月，25％合并有鼻咽部感染，表现为咳嗽（犬吠样）、气促、无热和低热、两肺湿啰音，重者有呼吸困难和发绀，喘鸣多不明显，有别于呼吸道合胞病毒引起的肺炎，X线检查双肺有间质性浸润，嗜酸粒细胞增多〉400/mm3。
4、其他
其他部位的感染，如阴道、直肠的感染症状，多隐匿而不易察觉。
