心脏粘液瘤常并发心脏栓塞及急性心力衰竭等并发症，术后易复发。
1、动脉栓塞
动脉栓塞主要发生原因为探查时过度搬动和挤压心脏，或切除时强行提拉瘤蒂发生瘤体破碎。因此，切除肿瘤后应用盐水冲洗心腔，避免肿瘤碎片隐藏在心房、室的肌小梁内。
2、急性心力衰竭
急性心力衰竭主要发生原因是对该病的病理生理认识不足，术后早期补充容量过多、过快，或对心功能较差的患者，未及时应用血管活性药物等。
3、术后复发
心脏粘液瘤切除术后有1~3％的患者会复发或再发，复发或再发的时间可出现在术后6个月~11年，一般为30个月。复发或再发者中，30~75％有家族史。故术后必须定期随诊，以便及时发现复发或再发病例。
