韦格纳肉芽肿可发生鼻腔黏膜糜烂、坏死，软骨和骨质破坏，常引起鼻中隔穿孔或由于鼻骨及软骨破坏塌陷而致鞍鼻。也可为丘疹、水疱、缺血性溃疡和皮下结节，皮下结节为坏死性肉芽肿性血管炎。还可伴有关节腔积液，少数患者还可出现腮腺炎、睾丸炎和前列腺炎。
