食管息肉可以发生溃疡出血、堵塞食管腔或发生恶变，个别病人的食管息肉在呕吐到口腔后不能还纳食管内而突然堵塞咽喉部，可导致病人窒息死亡。 个别食管息肉病人可以合并有肥大性骨关节病。手术摘除息肉之后，合并的肥大性骨关节病的症状随之消退或缓解，其发病机制尚不清楚。
