主要有食管黏膜溃疡、穿孔，偶有瘘管通入主动脉、吸入性肺炎及食管狭窄等报道。食管狭窄可以是单发或节段性，亦可累及全食管。食管念珠菌病必须考虑与食管良性狭窄相鉴别，尤其累及胸上半部的食管狭窄病人。并发症有食管狭窄、真菌团引起梗阻、上消化道出血、真菌扩散以及继发性细菌感染所致的败血症。临床上多表现吞咽疼痛、咽下异物感、咽下不适，部分病人出现吞咽困难。最常见症状为疼痛性吞咽困难、胸骨下痛、呕吐及胃肠道出血，可伴有真菌性口腔炎。
