本病90％为多因素遗传性疾病，即环境和遗传因素共同作用的结果。室间隔缺损为先天性心脏病，发生于胚胎期胎儿心脏发育期间，与出生后的因素无关。
本病有一定的遗传背景，父母患先心病者其子女的先心病患病率分别为1.5％～3％和2.5％～18％；子女患先心病其兄弟姊妹的先心病患病率为1％～3％。染色体异常和单基因突变可导致室间隔缺损，如13-三体综合征和18-三体综合征病人中90％伴心室间隔缺损，21-三体综合征病人中50％伴心内膜垫缺损。单基因突变的Holt-Oram综合征、Noonan综合征和LEOPARD综合征等都常伴有先天性心脏病。
外界环境因素可导致室间隔缺损，妊娠初3个月内病毒感染（风疹病毒，可能也包括巨细胞病毒、柯萨奇病毒、疱疹病毒等的感染等），妊娠早期母亲服用某些可致畸形的药物，妊娠早期高血糖等都可能增加胎儿心脏畸形的风险。
