本病在治疗时，应注意以下几点：
一、严格掌握糖皮质激素及广谱抗生素的应用。
二、积极治疗原发病，加强支持疗法，提高机体免疫力。
三、病原治疗
1、隐球菌脑膜炎患者
（1）用二性霉素B加5-氟胞嘧啶联合治疗具有协同作用。
（2）咪康唑(双氯苯咪唑)常用于不能耐受二性霉素B的患者，或者治疗效果不佳的深部真菌患者。咪康唑对念珠菌、曲菌、隐球菌、组织胞浆菌或环孢子菌等全身感染有效。
（3）氟康唑有广谱抗真菌作用，能透过血脑屏障，口服200mg，每日1～2次，效果良好。
2、肺部隐球菌病轻型患者
肺部隐球菌病轻型患者不需抗真菌药物，可口服酮康唑200mg～400mg/d。
