嵌杯样病毒胃肠炎现无疫苗。预防最好的办法是重视食品、饮水及个人卫生。饭前便后或是准备食物之前做到勤洗手；食用烧熟煮透的食品；不喝生水；不吃生、半生贝壳类水产品、不洁食品；保护好水源。对嵌杯样病毒患者应积极治疗，严格消毒隔离，对密切接触者及可疑患者实行严密的观察。
