皮脂囊肿病的组织病理显示囊壁呈皱褶状，由数层表皮细胞构成，在囊壁萎缩处仅可见2～3层扁平细胞，其他部位基底细胞呈栅状排列，其上有2～3层肿胀细胞，不能辨认细胞间桥，这些细胞向心部呈厚的均质性嗜酸性角质层，不规则伸入腔内，类似顶泌汗腺的断头分泌，大多数囊肿壁内或其邻近出现扁平皮脂腺小叶为本病特征性组织象，此外偶见毛根和(或)汗腺与囊壁连接，囊腔内可见由皮脂组织组成的无定型油状物，偶见成簇毳毛。
